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*报告题目: GWAS的多位点方法及其mrMLM软件包
报告副题目:
*报 告 人: 章元明
报告人职称: 教授
 头   衔1:
 头   衔2:
 职   务1:
 职   务2:
*报告时间: 10月21日(星期六)
*报告地点: 成都校区一教408会议室
 主办单位: 玉米研究所
 摘    要: 报告简介:全基因组关联分析已在复杂性状遗传剖析中广泛应用。但是,常用的方法是基于群体结构与多基因背景控制和SNP固定效应的单标记关联全基因组扫描,常致使检测到的位点数量很少,遗传率丢失现象严重。为了克服这一缺陷,本课题组基于多位点遗传模型、随机SNP效应、混合线性模型方法、关联分析快速计算算法和新的矩阵变换,提出了mrMLM、FASTmrMLM、FASTmrEMMA、ISIS EM-BLASSO、pLARmEB和pKWmEB六种新的多位点全基因组关联分析方法。计算机模拟研究表明,新方法的QTN检测功效、参数估计值精度、假阳性率和运行时间方面均得到有效改善。为了进一步验证新方法的有效性,分析了4个拟南芥开花时间相关性状。结果表明:新方法比常用单标记关联全基因组扫描方法检测到更多的显著关联标记,在这些标记附近存在更多的被生物学实验证实的基因,特别是这些多位点方法结果具有互补性,建议在应用中联合使用,并可部分解决遗传率丢失问题。若将mrMLM用于BC群体的QTL检测,其功效比复合区间作图CIM高20%,特别是小效应和连锁QTL。这有利于eQTL检测,因为反式eQTL效应较小且数量较多。最后,还讨论了关联分析中的常见问题。为方便应用,研制了R界面软件包(https://cran.r-project.org/web/packages/mrMLM/index.html),可免费使用。 报告人介绍:章元明,亚博网页版二级教授,楚天学者特聘教授,教育部新世纪人才,英国遗传学会会员和加拿大作物学会荣誉会员。长期从事统计基因组学研究工作,主要进展有:1)建立关联分析混合线性模型方法框架,并发展其多位点方法;2)研究基因组变异与作物复杂性状形成的分子进化机制;3)提出QTL定位的全基因组复合区间作图(GCIM)方法;4)发展了偏分离群体连锁图矫正方法;5)系统拓展了主基因+多基因混合遗传分析方法。研制mrMLM、DistrotedMap和SEA软件包。主持与参加科研项目20余项,在MolBiolEvol、Physics of Life Reviews、BMC Biology、Briefings in Bioinformatics、PLoS Computational Biology、Scientific Reports、Genetics和Heredity等发表论文百余篇,其中SCI论文65篇。获教育部自然科学二等奖1项。担任Heredity、Scientific Reports、BMC Genetics、Canadian Journal of Plant Science、作物学报和南京农业大学学报编委。主编《生物统计学》等教材三部,合著《植物数量性状遗传体系》,编著《数量性状分离分析与R软件》。培养博士后2人、博士17人和硕士34人。国家自然科学基金委员会学科评审组专家。